住宅ローン控除の対象となる住宅は「床面積の1/2以上がもっぱら自己の居住用であること」とされています。では、自宅兼アパートといった、店舗(アパート)併用住宅を建てた場合の住宅ローン控除はどうなるのでしょうか？
　自己の居住用部分の床面積が1/2以上の場合の住宅借入金の計算と、自己の居住用部分の床面積が1/2未満の場合で住宅ローン控除をうまく受けられるようにしたケースでの住宅借入金の計算を見てみましょう。
【事例1】1/2以上が自宅の場合
　甲さんは、5,000万円で2階建てのアパート併用住宅を建てました。この建物の床面積は、1階が140㎡で2階が100㎡の合計240㎡であり、1階は甲さん家族の自宅として使用し、2階は3室のアパートとして賃貸します。建築資金5,000万円のうち2,000万円は自己資金、残りの3,000万円を20年ローンで借り入れました。
①	住宅ローン控除の適用についての判定(自宅部分の割合が全体の1/2以上か)
140㎡>240㎡×1/2　：住宅ローン控除の対象
②	住宅ローン控除の対象となる借入金
3,000万円×140㎡ / 240㎡＝1,750万円
③	アパート部分に対応する借入金(利息が不動産所得の経費となる)
3,000万円×100㎡ / 240㎡＝1,250万円

【事例2】区分登記をすれば住宅ローン控除が受けられる場合
　乙さんは、2億円で4階建てのマンション併用住宅を建てました。この建物の床面積は1階から4階まですべて200㎡の合計800㎡であり、４階を乙さん家族の自宅として使用し、１階から３階までは賃貸マンションとして賃貸します。建築資金２億円の全額を25年ローンとして賃貸します。建築資金2億円の全額を25年ローンで借り入れました。
①	住宅ローン控除の適用についての判定（自宅部分の割合が全体の1/2以上か）
200㎡<800㎡×1/2 ：住宅ローン控除の対象とならない
②	住宅に対応する部分の借入金(このままだと住宅ローンの控除は受けられない)
2億円×200㎡/800㎡＝5,000万円
③	賃貸マンション部分に対応する借入金(利息が不動産所得の経費となる)
2億円×600㎡/800㎡＝1億5,000万円

　このケースの場合、このままでは借入金のうち住宅に対応する部分が税金計算上なんの軽減措置も使えなくなってしまいます。そこで、いわゆる分譲マンションのように区分登記をすれば、4階は独立した分譲マンションと同じ扱いになるので、4階は4階だけで一つの住宅ローン控除の対象となります。

★区分登記後の住宅ローン控除の適用についての判定
　200㎡>200㎡×1/2 : 住宅ローン控除の対象となる
　区分登記をしたため、4階は併用住宅ではなく独立した100%の居住用建物となるわけです。つまり、建物を区分登記したうえで、4階の自分の住まいの分については住宅ローンを組み、1階から3階のアパート部分については、アパートローンを組むという形が良いでしょう。